《刺客伍六七第三季》讲述了以主人公伍六七寻找失去的记忆为故事主线，配合角色与角色之间的爱恨情仇组成的支线贯穿始终。本季讲述了为了保护小鸡岛居民和这里平静的生活，伍六七和他的伙伴大保和小飞开启了去往玄武国的冒险旅程，去寻找身世的真相和解救小岛的办法，等待他们的又将是更多的未知与奇遇。