《魔法科高校的劣等生第二季》延续第一季的内容在2095年10月31日，未观测的战略级魔法，将朝鲜半岛南端的军事都市及舰队消灭了。自从被称作《灼热的万圣节》的那一天开始，世界因新的战略级魔法师登场而震撼。其中拥有「世界最强的魔法部队」STARS的北美利坚合众国(USNA)感觉到日益强烈的危机感，为了揭露未观测的战略级魔法以及使用这一魔法的魔法师的真面目，而积极地在暗中行动。约两个月后的12月24日。就在整座城市因圣诞节的饰品和灯饰而变得热闹非凡之际，达也等人为了给准备前往美国交换留学的雫饯行，而聚集在艾尼布利榭。雫前往美国的期间是三个月。根据雫所说，和她交换来到第一高校的，是和她同龄的女孩子。与此同时，在USNA的STARS基地，一名少女正准备前往第一高校展开潜入调查。她的名字是安洁莉娜·库都·希尔兹。她身为STARS历代最年轻的总队长，是操纵战略级魔法重金属爆散的USNA最强魔法师——。